Pre mnohých používateľov sú USB kľúče ideálnym prostriedkom na dosiahnutie cieľa: USB kľúče sú malé, lacné a ponúkajú dostatok úložného priestoru. Nečudo, že sa napaľuje čoraz menej diskov CD a DVD. Pokiaľ však ide o formátovanie USB kľúča, je potrebné zvážiť niekoľko vecí
USB kľúče by ste mali spravidla formátovať v systéme súborov FAT32: Tento súborový systém nerozpoznávajú iba systémy Windows 7, Windows Vista a Windows XP, ale aj počítače s operačným systémom Mac OS X a Linux.
Háčik s FAT32 však je, že súbor nemôže byť väčší ako 4 gigabajty. Aj keď je túto prekážku pomerne ťažké preskočiť a ľahko obísť, ďalší nedostatok je oveľa významnejší: USB kľúče môžu mať maximálnu kapacitu 32 gigabajtov, ak sa majú formátovať pomocou systému FAT32. USB kľúče s úložnou kapacitou viac ako 32 gigabajtov sú v súčasnosti stále relatívne drahé, ale ceny stále klesajú, preto by ste mali mať na pamäti túto veľkosť.
ExFAT nemá žiadne obmedzenia veľkosti súborov ani všeobecnej úložnej kapacity USB kľúča: Spoločnosť Microsoft predstavila tento súborový systém so systémom Windows 7, takže ExFAT je štandardne podporovaný iba systémom Windows 7. Na druhej strane v systéme Windows Vista potrebujete balík Service Pack 1, s ktorým je aktualizovaná podpora ExFAT. Spoločnosť Microsoft vydala samostatnú aktualizáciu systému Windows XP, aby bolo možné ako súborový systém použiť USB kľúče s formátom ExFAT: http://support.microsoft.com/kb/955704
Na druhej strane by sme úplne neodporúčali FAT: Tento súborový systém je teraz zastaraný, takže by ste ho už nemali používať. NTFS má tiež niekoľko nevýhod, pretože systémy s operačným systémom Mac OS X môžu spravidla čítať také USB kľúče, ale nemôžu do nich zapisovať súbory.
